Zoomアプリ バージョン5.4.3 から、複数のウィンドウを同時に共有できるようになりました。
「画面の共有」ボタンを押し、Shiftキーを押しながら共有する画面を選びます。
共有後のホスト画面（左）、参加者画面（右・iPad）は次のようになります。
共有している画面のうち、ホスト側で前面にでているものが参加者画面でも前面に表示されます。（あたりまえですが・・）
デスクトップ共有と違って、見せたくないもの（たとえばファイルが散らかっているデスクトップ・・笑）などは見えません。
共有したい画面を追加するとき、あるいは共有している画面のうちのいずれかを削除したいときは、「画面の共有」ボタンを押してShiftを押しながら共有したいものをクリック、または共有を外したいものをクリックしてください。